早在旧石器时代中期，这里就有“河套人”繁衍生息。

　　“杭锦”系由突厥语“康里”（正音“杭里”）演化而来，它原是突厥内部一个势力集团的名称，后为部落名。成吉思汗西证时，其部落中的部分人员归附蒙古，后渐被同化，形成杭锦部落。

　　清顺治六年（1649年），清政府设鄂尔多斯左翼后旗和鄂尔多斯右翼后旗。现今的杭锦后旗地区，蛮会镇和团结镇为鄂尔多斯左翼后旗的辖地。陕坝镇、二道桥镇、头道桥镇、三道桥镇、双庙镇、沙海镇为鄂尔多斯右翼后旗的辖地。民国元年（1912年），民国政府将鄂尔多斯左翼后旗更名为达拉特旗，将鄂尔多斯右翼后旗更名为杭锦旗（因其辖地原为突厥族“杭锦”部落所有，故名）。

　　民国三十一年（1942年），傅作义在河套地区实行新县制后，划出五原县和临河县的部分地区，新建狼山县、米仓县。从1942年6月14日至1953年9月27日期间，现今杭锦后旗的蛮会镇和团结镇为狼山县四区辖地，陕坝镇（包括原红旗乡）为临河县三区辖地，其余地区为米仓县辖地。这一时期，绥远省政府在河套地区实行“蒙汉分治，旗县并存”的政策。比如在米仓县地区的居民，蒙族隶属杭锦旗领导，汉族隶属米仓县领导。即使在一个自然村里杂居的群众，也各有权属，各归自己的旗政府或县政府领导。

　　1953年9月28日，经国务院批准，正式废除旧社会遗留下来的“蒙汉分治，旗县并存”政策，将米仓县划归杭锦旗。但这一决策尚未实施，就因黄河阻隔，两岸交往不便，给管理带来诸多困难，故随即决定以黄河为界，将杭锦后旗一分为二，黄河以南地区仍称杭锦旗，黄河以北地区命名为杭锦后旗。1958年8日，将原狼山县四区即蛮会镇、团结镇划归为杭锦后旗，后又将临河三区即陕坝镇（包括原五星、光荣、红旗、跃进）划归杭锦后旗。至此，杭锦后旗的行政区域基本固定下来。

　　在漫长的历史演进中，杭锦后旗这块宝地不仅聚居着蒙、汉、回、满等十二个民族的劳动人民，而且凝聚了蒙古高原、黄土高原、中原三大文化精华，形成了农耕为本、独具特色的经济形态和兼容并蓄、海纳百川的文化特色。

　　闻名遐迩的古镇陕坝，是全旗政治、经济、文化的中心，这里很早就是河套人和北方少数民族贡马互市、商贾往来的集散地。陕坝镇的第一户居民是一位名叫“善巴”（“善巴”为藏语“强巴”、“香巴”或“松巴”音译的串音。据国家民委解释：“强巴”、“香巴”、“松巴”在藏语中用于佛名、人名或地名，无其他含义）的蒙古族老人。“善巴”信奉喇嘛教。由于蒙、藏在宗教信仰方面的相互影响，这位蒙古族老人从小就起了个藏语名字。1874年左右，善巴定居于陕坝镇的西沙壕。他蒙汉皆通，见多识广，为人忠厚，办事公道，且又乐于助人，附近村民多有亲近往聚者。善巴不仅本村闻名，亦传闻于四方，有去该村者，往往呼之曰：“去善巴（即去善巴居住的地方）”。久而久之，以人名而为地名。又由于蒙汉语和不同方言交谈中的串音和音变，“善巴”逐步演变为“陕坝”。

　　在战火纷飞的抗战时期，陕坝曾是国民党绥远省临时省会和第八战区副司令长官部所在地，爱国将领傅作义将军在此率部屯垦戍边，抗击日寇，致力水利事业，并创办了驰名国内的奋斗学校。